วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์  เดิมชื่อว่า “วัดสลัก”  ผู้สร้างวัดแห่งนี้ไม่ปรากฏนาม  แต่สันนิษฐานว่ามีมาแต่ครั้งกรุงเก่า(กรุงศรีอยุธยา)  เมื่อสมเด็จพระบวรราชเจ้า มหาสุรสิงหนาท(พระอนุชาธิราชของ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่๑)ทรงมาพบวัดนี้แล้ว  ทรงบูรณปฏิสังขรณ์ และทรงสร้างถาวรวัตถุขึ้นมาใหม่ ทรงสถาปนาวัดนี้ขึ้นเป็นพระอารามหลวงแห่งแรกในยุคกรุงรัตนโกสินทร์  ทรงขอพระราชทานพระอารามจากพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชว่า“วัดนิพพานนานาม”

ต่อมา พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช  โปรดให้ทำการสังคายนาพระไตรปิฎกที่วัดนิพพานาราม จึงโปรดให้เปลี่ยนนามพระอารามว่า “วัดพระศรีสรรเพชญ์”  ต่อมาพระองค์ทรงประชุมพระราชาคณะให้จัดการศึกษาพระปริยัติธรรม และจัดให้มีการสอบไล่พระปริยัติธรรมที่วัดแห่งนี้ จึงโปรดให้เปลี่ยนนามพระอารามอีกครั้งว่า “วัดพระศรีรัตนมหาธาตุ ราชวรมหาวิหาร” ตามแบบอย่างครั้งกรุงเก่า

เมื่อ พ.ศ ๒๓๔๖  พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงโปรดให้เรียกวัดพระศรีรัตนมหาธาตุ ราชวรมหาวิหารว่า “วัดมหาธาตุ” ด้วยเหตุว่านามวัดดังกล่าวเป็นหลักของพระนครที่มีทุกราชาธานีในประเทศนี้  จึงควรต้องมีในพระนครอมรรัตนโกสินทร์ อีกทั้งพระเจดีย์ที่บรรจุพระบรมสารีริกธาตุในพระมณฑป ซึ่งเป็นพระศรีรัตนมหาธาตุก็มีอยู่ในพระอาราม และเป็นพระอารามที่สถิตสมเด็จพระสังฆราชเหมือนวัดมหาธาตุที่กรุงเก่า  จึงพระราชทานนามพระอารามแห่งนี้ใหม่ในรัชสมัยของพระองค์ว่า “วัดมหาธาตุ”

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เมื่อสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชเจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศสวรรคต พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานพระราชทรัพย์อันเป็นส่วนของสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช  เพื่อปฎิสังขรณ์วัดมหาธาตุ  จึงโปรดให้เพิ่มสร้อยนามพระอาราม เฉลิมพระเกียรติยศสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชว่า “วัดมหาธาตุ ยุวราชรังสฤษฎิ์”